Chemiker, Oder Biologen Unter Uns? DNA extrahieren
#1
geschrieben 22. Januar 2008 - 17:43
habe einige Fragen zu einem Versuch den ich im Internet gefunden habe.
Link
Mein Lehrer verlangt von mir ihm erklären zu können welcher Schritt was bewirkt.
Da mir Chemie Spaß macht hab ich eingewilligt und erst später gemerkt, dass mir das Thema mehr als fremd erscheint... Ich kann kaum etwas nachvollziehen bei dem Versuch ...
Deswegen wollt ich mal fragen, ob mir jemand von euch vielleicht weiterhelfen kann, der sich mit dem Thema auskennt.
MfG
Anzeige
#2
geschrieben 22. Januar 2008 - 18:09
Um die DNA aus dem Zellkern bzw der Zelle herauszulösen, muss man zuerst die Zellmembran (welche aus Lipiddoppelschichten besteht) mit Spülmittel (Detergenzien)"aufbrechen"
Durch die Proteaselösungn (Protean in jedem Waschmittel enthalten -> Enzyme) werden dann die Zellproteine abgebaut, sodass nur noch die DNA übrig bleibt.
Damit man im Verlauf die DNA sichtbar machen kann, muss man den Spiritus (Ethanol) dazugeben.
Da sich dann die DNA nicht im Alkohol löst, setzt sie sich als "Brocken" ab.
Mit dem Mörser wurde natürlich vorher die Zellwand zerstört.
Dieser Beitrag wurde von DKind bearbeitet: 22. Januar 2008 - 18:30
#3
geschrieben 22. Januar 2008 - 19:02
MfG
#4
geschrieben 22. Januar 2008 - 20:43
Ich weiß halt nur, dass der Lösungsvorgang bei wärme "beschleunigt" wird
Aber das sollte eigentlich jedem Chemiker klar sein
#5
geschrieben 28. Januar 2008 - 19:52
Zitat (DKind: 22.01.2008, 20:43)
Ich weiß halt nur, dass der Lösungsvorgang bei wärme "beschleunigt" wird
Aber das sollte eigentlich jedem Chemiker klar sein
es wird ja nicht nur stark erwärmt, sondern auch stark (eiskalter alkohol(!)) abgekühlt. dieser effekt ist momentan noch das ding das mich grübeln lässt.
Ich vermute ja, dass es etwas mit der Löslichkeit zu tun hat ...
MfG
#6
geschrieben 05. April 2008 - 09:50
MfG
#7
geschrieben 06. April 2008 - 21:49
Dieses "supercooling" ist dazu gedacht, eine Beschädigung/Denaturierung des extrahierten Materials zu verhindern, vor allem durch Oxydation, vor allem bei Pflanzenmaterial. Du verwendest pflanzen-DNA, dabei spielt die Oxydation die wichtigste rolle, will man z.b. aus Organen extrahieren, wird sogar auf bis zu -40C gekühlt, um auch Enzyme, die die extrahierte DNA beschädigen könnten, funktionsunfähig zu machen.
Dieser Beitrag wurde von Leshrac bearbeitet: 06. April 2008 - 21:49
#8
geschrieben 07. April 2008 - 11:28
wozu dient z.b. der extraktionspuffer, den ich als erstes ansetz, genau?
Danke auf jeden Fall!
wär cool, wenn du mir bis heute abend noch bescheid geben könntest, da ichs wahrscheinlich morgen abgeb.
Gruß
#9
geschrieben 07. April 2008 - 19:59
Hi, based on what Leshrac translated for me from that article you linked and the info you're missing, I'll start off with the buffering solution (and I'll try to keep it simple).
Usually, when you produce a raw DNA extract from organic tissue, you first create an impure mix of both the DNA and a lot of secondary substances such as proteins and fats. The buffer is merely a carrier, which purifies this solution by separating the DNA from the impurities in your solution.
After applying the buffer, you apply ethanol to precipitate the purified DNA out of the now two phased solution.
By cooling the extract, you simply ensure that the purified DNA can not be damaged by any remnant enzymes or oxidation. It also prevents any denaturation of the extract which may occur during storage. In addition you should make sure, that there are no sources of damaging radiation which the sample could be exposed to.
Good luck, Aurelie
#10
geschrieben 07. April 2008 - 22:44
See you!
#11
geschrieben 08. April 2008 - 16:29
Nur wusste ich leider nicht zu erklären wieso es zuerst erwärmt wurde. Meine Vermutung war, dass es nur in dem Rahmen zwischen 60°C und -x°C funktioniert, da ansonsten die Proteine denaturiert würden, oder die Reaktion nicht stattfinden kann. Zumindest die Proteaselösung. Da ich es aber nicht sicher wusste, meinte mein Lehrer soll ich nochmals nachforschen.
Wenn das nochmals direkt hierüber funktionieren würde, wär das super, ansonsten war das schon Hilfe genug =) - Danke nochmals!
Grüße
Hendrik
#12
geschrieben 08. April 2008 - 18:43
Actually it`s pretty much straightforward the way you described the process. We call that stage of the extraction process incubation period, where the still intact cells of the specimen are dissolved (e.g. membranes destroyed) for the later separation of the DNA. Especially with plant tissue, it`s common practice to apply a specific protease to the crude solution to achieve this. Each has it`s own specific max efficiency temperature, but most are in the reign of 50-60C, too high a temperature will indeed result in the destruction of the protease.
By setting the exact temperature of your chosen protease you achieve the best and most efficient yield in cytolysis of crude lysate. It`s also quite easy to observe during the actual process, as soon as tissue is lysed you will notice cloudy material in your solution.
The addition of cooled or even supercooled ethanol no longer has anything to to with the lysation process, it is just the phase carrier which causes the DNA to precipitate out of the lysate by binding to the ethanol.
Well, I hope it`s not too complicated this way
#13
geschrieben 08. April 2008 - 20:58
(crude) lysate
and
cytolysis
I have to present the experiment also one more time tomorrow and on friday in other classes. I hope it'll work as well as today.
Thank you very much!²
greetings from ludwigsburg
Dieser Beitrag wurde von B(n)eT(t)nÄsSeR bearbeitet: 08. April 2008 - 20:58
#14
geschrieben 08. April 2008 - 22:25
Aber lies dir dies hier doch einmal durch, dort werden alle Begriffe ganz gut erläutert. Und in einer Bibliothek findest du sicher auch ein entsprechendes fachbezogenes Wörterbuch.
#15
geschrieben 08. April 2008 - 22:51
Der Optimist sagt: "Das Glas ist halb voll."
Der Realist sagt: "Bedienung, zwei Neue!"